课程概述

       合成生物学是一门新兴的交叉学科,包含生物学、工程学、数学、计算机、物理和化学等。其所涵盖的科学知识、科学技术都是现代科学发展的前沿。通过这门课程的学习,学生可以广泛涉猎不同学科领域的交叉、融合,拓宽知识面,提高综合素养,还可以培养学生的创新精神、创新意识和创业能力。

       合成生物学是将生物系统的合成和遗传线路的连接工程化,与集成电路的制造方法一样,先设计、再制造、再设计。其最终目的是要通过这种理性设计和再设计的过程,获得人们所需要的生物功能,并通过实验得以实现,从而推动疾病诊断、药物治疗、基因编码及生命起源等方面的研究。其主要内容包括生物基因元件的模块化与标准化原理,基因元件的组装和表征,合成生物学的经典人工基因线路,基因组合成与编辑技术等。

证书要求


       完成全部课程学习后,成绩合格及优秀的同学可根据实际需要付费申请认证证书,由任课教师签发课程结业证书。

证书级别:合格、优秀两类。

合格证书:总成绩60分及以上

优秀证书:总成绩85分及以上

 

       完成全部的课程学习后由教师给出成绩,具体评价标准包括以下几个方面: 

1. 线上作业(10%):在学习完第一章以后,完成一次线上作业。要求学生在观看教学视频和阅读参考文献的基础上,撰写书面作业。具体要求参见作业内容。

2. 线上测验(20%):前面4章内容,每章内容后面都有一次单元测验。测验题型包括单选题、多选题或判断题,每题2分。测验需要在30分钟内完成,允许尝试3次,取最高分值为有效得分。

3. 线上讨论(10%):学生需要在“课堂交流区”中参加老师发起的讨论,发帖和回帖的数量总共达5条及以上。MOOC平台默认只有这个部分的讨论才能计算成绩。本课程每章都会指定讨论题目,学生可根据兴趣选择参与。

4. 线下见面课的出勤:这部分成绩满分10分(10%),鼓励大家积极参加线下见面课。

5. 线下项目展示(50%):分小组展示自己设计的实验项目。


 

预备知识

生物化学、分子生物学、工程学、数学、化学等。‍

授课大纲

第一章 合成生物学介绍

第 1 节 合成生物学课程介绍

第 2 节 合成生物学的概念

第 3 节 合成生物学的研究内容

第 4 节 合成生物学的特点

第 5 节 合成生物学的发展历史

第 6 节 合成生物学的应用及前景

第 7 节 合成生物学之伦理与生物安全

第一章 单元测验

第一章 单元作业

第二章 标准化的生物合成系统

第 1 节 合成生物学的工程化本质

第 2 节 合成生物学的工具箱

第 3 节 合成生物系统的层次

第 4 节 合成生物系统的基本元件

第 5 节 标准生物元件与生物元件库

第 6 节 标准生物元件的组装

第 7 节 合成生物系统的标准化测量

第二章 单元测验

第三章 合成生物系统的逻辑结构

第 1 节 模块的串联和并联

第 2 节 单输入和多输入

第 3 节 前馈

第 4 节 反馈

第 5 节 逻辑门

第三章 单元测验

第四章 基础遗传线路的设计

第 1 节 转录水平的基因表达调控开关

第 2 节 翻译水平的基因表达调控开关

第 3 节 基因振荡器

第 4 节 细胞群体感应系统

第 5 节 脉冲发生器

第 6 节 细胞群体图案系统

第 7 节 边界检测器

第 8 节 工程化的支架蛋白

第四章 单元测验

第五章 合成生物学常用实验技术

第 1 节 生物砖的组装-同尾酶法

第 2 节 生物砖的组装-重叠延伸PCR法

第 3 节 重叠延伸PCR克隆

第 4 节 Gibson 组装方法

第 5 节 标准元件库的构建和表征

第 6 节 沉默内源性基因的人工小RNA筛选

第六章 生物合成通路的构建与组装

第 1 节 同源重组法构建工程化的生物合成通路

第 2 节 多功能基因组装平台ePathBrick

第 3 节 SLIC 与 Cre-LoxP方法相结合

第 4 节 金门克隆法组装DNA

第 5 节 在大肠杆菌基因组中构建基因回路

第七章 优秀iGEM项目介绍

第 1 节 炎症性肠病新疗法-1

第 2 节 炎症性肠病新疗法-2

第 3 节 3D生物打印技术-1

第 4 节 3D生物打印技术-2

第 5 节 3D生物打印技术-3

参考资料

1.《合成生物学导论》,宋凯编著,2010,科学出版社.

2.《Synthetic Biology, A Primer》, Revised Edition, Baldwin, Bayer, et al. 2015,Imperial College Press.

3.《BioBuilder: Synthetic Biology in the Lab 》, Natalie Kuldell, et al. 2015, O'Reilly.

4.《Synthetic Biology, Springer Protocol》, Karen M. Polizzi, Cleo Kontoravdi, 2013, Humana Press.

5.《系统生物学导论:生物回路的设计原理》,Uri Alon著,王翼飞等译. 2009,化学工业出版社.

6.  iGEM网站:https://igem.org/Main_Page

 

常见问题

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