本课程在原国家级精品课程、国家级精品资源共享课《生物信息学》基础上转型升级，是一门生命科学领域和信息科学领域的应用型交叉学科。课程共分为八章，分别是生物信息学概要、生物信息学数据库、生物信息学数据库检索、系统演化分析、基因分析和基因组注释、蛋白质分析、基因组浏览器、生物信息学其他应用。通过本课程的学习，可以培养学员具有生物信息学方面的理论基础和基本技能，能够运用所掌握的生物信息学理论、方法和技术初步解决科研和实际工作中生物信息的存储、检索、分析和利用的问题。本课程不仅有理论讲授，更有大量操作视频，并辅以在线互动答疑和其他相关资料。

本课程采用百分制计分，最终成绩由在线作业、在线讨论、单元测试、课程考试四部分累加。其中在线作业20%，在线讨论10%，单元测试30%，课程考试40%。总分60-84分为合格，总分85分以上为优秀。证书的形式包括免费证书（可查询验证的电子版）和认证证书（纸质版），学员可以在课程结束后根据需要申请。如果需要纸质版认证证书，收费标准为100元/人。

计算机、基因组学、分子遗传学

第一章 生物信息学概要

第一节 生物信息学发展

第二节 生物信息学基本方法和技术

第三节 生物信息学研究内容

第四节 生物信息学应用

第二章 生物信息学数据库

第一节 核苷酸数据库

第二节 蛋白质数据库

第三节 其他数据库及数据提交

第三章 生物信息学数据库检索

第一节 关键词为基础的数据库检索

第二节 序列对位排列分析原理

第三节 序列为基础的数据库检索

第四章 系统演化分析

第一节 多序列对位排列

第二节 系统演化分析

第三节 MEGA应用

第五章 基因分析和基因组注释

第一节 编码蛋白质基因预测

第二节 非编码蛋白质基因预测

第三节 基因结构分析

第四节 miRNA及靶基因预测

第五节 ENCODE

第六章 蛋白质分析

第一节 蛋白质性质和结构分析

第二节 膜蛋白分析

第三节 蛋白质翻译后修饰分析

第四节 蛋白质亚细胞定位分析

第七章 基因组浏览器

第一节 UCSC基因组浏览器

第二节 Ensembl基因组浏览器

第三节 代表性模式生物数据库

第四节 代表性农作物数据库

第八章 生物信息学其他应用

第一节 芯片表达谱及RNA-seq应用

第二节 ChIP-seq技术及应用

第三节 Galaxy应用

第四节 GEO数据库应用

第五节 CRISPR gRNA设计

第六节 Primer设计

第七节 限制性核酸内切酶切割位点分析

第八节 测序在组学中的应用

David W Mount. Bioinformatics: Sequence and Genome Analysis (Second edition). Cold Spring Harbor Laboratory. 2004.

Baxevanis A D, Ouellette B F F. Bioinformatics: A Practical Guide to the Analysis of Genes and Proteins (Third edition). New York: Wile-Interscience. 2004.

NCBI Education. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/home/learn/

EMBL-EBI. https://www.ebi.ac.uk/

樊龙江。生物信息学。浙江大学出版社，2017。

Mayer B。组学数据生物信息学：研究方法与实验方案（导读版）。科学出版社，2013。

李霞 雷健波 李亦学。生物信息学（第二版）。人民卫生出版社，2015。

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